Eleita a cada 3 anos, a Diretoria da FUNAAD tem a seguinte estrutura:

• Assembléia Geral (integrada por todos os associados)

• Conselho de Curadores (composto de até 7 membros)

• Presidente da Fundação

• Vice-Presidente da Fundação

• Diretor Executivo

• Diretor Financeiro

• Conselho Fiscal (presidente, vice-presidente e suplentes)

• Secretário

A FUNAAD, buscando assegurar uma administração coerente com seus objetivos de serviço à comunidade, além dos membros da diretoria eleitos em Assembleia específica, disponibiliza quatro cargos de sua administração, para serem indicados por entidades representativas de segmentos da sociedade manairense. Atualmente conta com membros indicados pelo Poder Executivo Municipal, Poder Legislativo, Igreja Católica e Igreja Evangélica.